扁平苔藓组织病理：表皮主要是粒层增生，角层、棘层增厚，基层液化，毛囊口内有角质栓。在真皮内，很多淋巴细胞及少数组织细胞围绕着扩张的血管，这些细胞浸润于真皮浅层而成带状，其下边缘清楚。早期细胞尤多，乳头显著增大及充血。晚期淋巴细胞减少而组织细胞及成纤维细胞增多，也有嗜色素细胞。在萎缩性扁平苔藓中，表皮显著萎缩。
    粘膜的病理组织中不含粒层，其他病变与皮肤病变大致相同但与尖锐湿疣不同。