隐球菌主要侵犯中枢神经系统，其次为肺部，皮肤与其他器官和组织累及者少见。由于机体对隐球菌的侵袭没有抵抗力，不产生显著反应。因此，即使某些内脏病情非常严重，但临床表现极少，以致容易漏诊。尖锐湿疣临床表现不同。
    中枢神经系统隐球菌病是本病中最常见的一种。可能先有上呼吸道感染史。其主症状为头痛。开始为阵发性、局限于前额及颞颥部位，发展缓慢。逐渐头痛加重，变为连续性。亦偶有突然发作，头痛剧烈，伴以呕吐者。其他常见症状有眩晕和项部僵硬发痛。在发展过程中，精神症状有抑郁、淡漠、骚动、易激动、谵妄等，最后可导致死亡。