深部霉菌病目前不到20种，但比浅部的危害性大些，个别病种尚可引起死亡。我国解放前，深部霉菌病只发现放线茵病、念珠菌病和隐球菌病等几种。解放后，在党和国家的重视下，陆续发现了孢子丝菌病、着色霉菌病，曲菌病，足肿病、组织胞浆菌病，尖锐湿疣等等。